Cúp Intertoto 1963–64 với chức vô địch thuộc về Slovnaft Bratislava bảo vệ thành công chức vô địch khi đánh bại Polonia Bytom trong trận chung kết. Giải đấu được mở rộng trong mùa này với số đội tham gia lên đến 48 so với 32 đội ở mùa giải trước, bao gồm các đội bóng lần đầu tiên tham gia đến từ Bỉ – điều đó có nghĩa là thêm một vòng đấu loại trực tiếp nữa giữa Vòng bảng và Tứ kết.